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Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  36 lines
  1. *****************************************************
  2. * Photosynthetic reaction center proteins signature *
  3. *****************************************************
  4.  
  5. In the  photosynthetic   reaction  center  of purple bacteria, two  homologous
  6. integral membrane proteins, L(ight) and M(edium), are known to be essential to
  7. the  light-mediated  water-splitting process.     In  the  photosystem  II  of
  8. eukaryotic chloroplasts two  related  proteins are involved: the D1 (psbA) and
  9. D2 proteins (psbD).     These four types of protein  probably evolved  from  a
  10. common ancestor [see 1,2 for recent reviews].
  11.  
  12. We  developed a  signature  pattern  which  include  two  conserved  histidine
  13. residues. In  L and M chains, the first histidine is a ligand of the magnesium
  14. ion of  the  special  pair  bacteriochlorophyll,  the  second is a ligand of a
  15. ferrous non-heme iron atom. In photosystem II these two histidines are thought
  16. to play a similar role.
  17.  
  18. -Consensus pattern: [NH]-x(4)-P-x-H-x(2)-[SAG]-x(11)-[SAGC]-x-H-[SAG](2)
  19.                     [The first H is a magnesium ligand]
  20.                     [The second H is a iron ligand]
  21. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  22.  for broad bean psbA which has Gln instead of the second His.
  23. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  24.  
  25. -Expert(s) to contact by email: Edelman M.
  26.                                 lpedel@weizmann.weizmann.ac.il
  27.                                 Hirschberg J.
  28.                                 hirschu@hujivms.huji.ac.il
  29.  
  30. -Last update: June 1994 / Text revised.
  31.  
  32. [ 1] Michel H., Deisenhofer J.
  33.      Biochemistry 27:1-7(1988).
  34. [ 2] Barber J.
  35.      Trends Biochem. Sci. 12:321-326(1987).
  36.